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排他ロックを利用しつつ、どのタイミングでプログラムが強制終了しても、ファイルがクリアされないようにしてみた。

/* ファイルの先頭に追加 */
$fp = fopen('data.txt', 'r+') or exit('error!');
flock($fp, LOCK_EX);

$no   = 0;
$data = '';

while ($line = fgets($fp)) {
  if (intval($line) > $no) {
    $no = intval($line);
  }
  $data .= $line;
}

$no++;

rewind($fp);
fwrite($fp, "$no\t" . date('H:i:s') . "\n$data");

flock($fp, LOCK_UN);
fclose($fp);

/* ファイルの末尾に追加 */
$fp = fopen('data.txt', 'a+') or exit('error!');
flock($fp, LOCK_EX);

$no = 0;

while ($line = fgets($fp)) {
  if (intval($line) > $no) {
    $no = intval($line);
  }
}

$no++;

fwrite($fp, "$no\t" . date('H:i:s') . "\n");

flock($fp, LOCK_UN);
fclose($fp);

/* 任意の行を編集 */
$fp = fopen('data.txt', 'r+') or exit('error!');
flock($fp, LOCK_EX);

$no   = 3;  //No.3のデータを編集
$data = '';

while ($line = fgets($fp)) {
  if (intval($line) == $no) {
    $data .= "$no\t" . date('H:i:s') . "\n";
  } else {
    $data .= $line;
  }
}

rewind($fp);
fwrite($fp, $data);
ftruncate($fp, ftell($fp));

flock($fp, LOCK_UN);
fclose($fp);

/* 任意の行を削除 */
$fp = fopen('data.txt', 'r+') or exit('error!');
flock($fp, LOCK_EX);

$no   = 3;  //No.3のデータを削除
$data = '';

while ($line = fgets($fp)) {
  if (intval($line) != $no) {
    $data .= $line;
  }
}

rewind($fp);
fwrite($fp, $data);
ftruncate($fp, ftell($fp));

flock($fp, LOCK_UN);
fclose($fp);