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freoに対して、よくもらう要望とか。

閲覧権限の無い記事・フィルタリングされた記事は、そもそも一覧に表示しないようにしたい

テンプレートを編集すれば非表示にできますが、改ページ処理に問題が出てしまいます。（1ページあたりの表示件数が一定にならないとか、前後の記事に移動できないとか。）
プログラム側で対処するとなると、どうしてもプラグインの仕様が複雑になりすぎるので、今の仕組みでは完全には難しいかも…。

ただ、「エントリー」ではなく「ページ」ならページ移動処理の影響は比較的小さいので、そのうちにテンプレート編集方法の解説を作成したいと思います。

複数のfreoを設置する際、プログラムなどを共通化したい

設定を変更すれば、共通化できるように設計しています。
解説はそのうちに。

TinyMCE以外のエディタを使いたい

エディタ部分はfreoのプログラムから独立しているので可能です。
解説はそのうちに。

TinyMCEの挙動がおかしい

TinyMCEの仕様なら対処は難しいですが、そのうち調べます。

画像閲覧時にLightboxやThickBoxを使いたい

テンプレートを編集すれば可能です。
解説はそのうちに。

設置が難しい

制作が一段落したら解説ページを充実させます。
ただし、Web Diary Pro よりも環境を選ぶのは仕様です。

カテゴリーごと・記事ごとに表示を変更したい

テンプレートを編集すれば可能です。
解説はそのうちに。

PC用画面で、絵文字を簡単に入力したい

いつか絵文字挿入ツールを作ります。

OpenIDに対応して欲しい
mixiやYahoo!のIDで、ゲストユーザーとしてログインできるように

OpenIDは現在勉強中。
「OpenID.ne.jp」と「はてな」の認証は比較的容易に実装できそうですが、mixiやYahoo!などはSSLを経由した承認が厄介で、かなり環境を選びそう。
今のところ、実装できるかどうかは不明。

グループ・フィルター・オプション・カテゴリーの「説明」の登録内容がどこにも表示されていない

今のところ、テンプレートを編集しなければ表示されません。
そのうち使いどころを考えます。

一部のファイルの文字コードがShift-JISになっている

日本語を含まないファイルは、WindowsではShift-JISとして認識されるのです。